中心组织机构包括主任、副主任、管理委员会、秘书组、各功能平台和用户委员会。
所级中心主任由主管所领导担任，负责所级中心运行管理、队伍建设和考核评估等工作；中心副主任协助主任开展工作，负责具体工作内容的实施与落实。
管理委员会是所级中心的重大决策机构，由主管所领导、中心主任、中心副主任、资产处负责人、财务处负责人等相关代表组成，其中主管所领导担任主任。其职责是：统筹协调全所的仪器设备资源，参与仪器设备修购、功能开发等相关项目申报，决策所级中心建设发展和运行管理中的重大事件。
秘书组由所级管理员以及财务助理等管理人员组成，负责仪器设备的运行管理、日常监督、经费管理、样品检验、考核评估等日常工作。
各功能平台由平台负责人及若干仪器管理员组成，负责仪器设备的日常运行、维修维护和功能开发，保证分析数据的科学性和客观性，不得无合理原因拒绝课题组的使用；同时及时进行仪器的预约审核、刷卡检测、生成日志，确保仪器机时统计准确。各平台和管理员都应最大限度推进仪器设备的对外开放，不断提高使用率和共享率。
用户委员会由使用大型仪器设备相对较多的各科研领域1-2名科研人员组成，负责向中心反映用户的意见、建议及需求，同时向科研人员传达中心的功能、服务和政策等信息。
组织机构
